Commentaires sur : Le coelacanthe : un « presque fossile vivant » https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/ La paléontologie dans tous ses états, par l'équipe du musée des dinosaures Wed, 07 Aug 2019 15:15:54 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.4.2 Par : Lionel Cavin https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1702 Lionel Cavin Tue, 16 Sep 2014 07:08:53 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1702 Cette remarque est intéressante mais ne s’applique pas vraiment à l’étude dont il est question ici. Notre objectif n’était pas de comprendre pourquoi certaines lignées, celle des cœlacanthes en l’occurrence, ont évolués morphologiquement moins rapidement que d’autres, mais simplement de tester si, effectivement, elles sont plus lentes à se transformer. Une fois qu’on a démontré ce point (je pense que c’est le cas maintenant), on peut s’atteler à la recherche des causes de ce tempo évolutif particulier, et c’est une étude que nous essayons de faire. Ces causes peuvent êtres internes (processus physiologiques, taux de mutation, etc.) ou externes, comme vous les évoquez. S’il est vrai que le milieu de vie du Latimeria actuel peut paraître plutôt stable, les cœlacanthes du Paléozoïque et du Mésozoïque occupaient différents milieux aquatiques, tels que la pleine mer, des lagons et des rivières, des environnements où d’autres groupes de poissons ne se sont pas gênés pour se diversifier… Cette remarque est intéressante mais ne s’applique pas vraiment à l’étude dont il est question ici. Notre objectif n’était pas de comprendre pourquoi certaines lignées, celle des cœlacanthes en l’occurrence, ont évolués morphologiquement moins rapidement que d’autres, mais simplement de tester si, effectivement, elles sont plus lentes à se transformer. Une fois qu’on a démontré ce point (je pense que c’est le cas maintenant), on peut s’atteler à la recherche des causes de ce tempo évolutif particulier, et c’est une étude que nous essayons de faire. Ces causes peuvent êtres internes (processus physiologiques, taux de mutation, etc.) ou externes, comme vous les évoquez. S’il est vrai que le milieu de vie du Latimeria actuel peut paraître plutôt stable, les cœlacanthes du Paléozoïque et du Mésozoïque occupaient différents milieux aquatiques, tels que la pleine mer, des lagons et des rivières, des environnements où d’autres groupes de poissons ne se sont pas gênés pour se diversifier…

]]> Par : Delamette Michel https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1700 Delamette Michel Mon, 15 Sep 2014 18:39:37 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1700 Ce qui me laisse toujours un peu songeur dans ce genre de travail, c'est l'apparente déconnexion des caractères analysés avec la variabilité des conditions de milieux un peu comme si la machine évolutive biochimique était en totale isolement par rapport aux variations de l'environnement. Dans l'exemple traité ici, il n'est pas surprenant de constater que plus le milieu évolue rapidement ou plus les écosystèmes associés sont complexes (du milieu marin profond au milieu aérien en passant par le milieu dulçaquicole) et plus les "quantités de morphologie" évoluent rapidement. Il me semble qu'il aurait été plus pertinent pour le propos de comparer des organismes ayant un milieu de vie comparable en terme de pression de sélection. En d'autres termes, la comparaison ne me semble pas très pertinente mais peut être me manque-t-il des données pour que cette remarque soit mieux étayée (par exemple le mode de vie des divers taxons de la lignée des coelacanthes?). Ce qui me laisse toujours un peu songeur dans ce genre de travail, c’est l’apparente déconnexion des caractères analysés avec la variabilité des conditions de milieux un peu comme si la machine évolutive biochimique était en totale isolement par rapport aux variations de l’environnement. Dans l’exemple traité ici, il n’est pas surprenant de constater que plus le milieu évolue rapidement ou plus les écosystèmes associés sont complexes (du milieu marin profond au milieu aérien en passant par le milieu dulçaquicole) et plus les « quantités de morphologie » évoluent rapidement. Il me semble qu’il aurait été plus pertinent pour le propos de comparer des organismes ayant un milieu de vie comparable en terme de pression de sélection.
En d’autres termes, la comparaison ne me semble pas très pertinente mais peut être me manque-t-il des données pour que cette remarque soit mieux étayée (par exemple le mode de vie des divers taxons de la lignée des coelacanthes?).

]]> Par : Lionel Cavin https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1686 Lionel Cavin Mon, 08 Sep 2014 19:08:11 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1686 Pas de problème sur le ton « sec » de votre commentaire, c’est le jeu avec ce genre de sujet ! La phrase que vous mentionnez entre guillemets peut paraître bien définitive, mais ce n’est pas une citation du billet. Dans l’article dont il est question ici, et que je vous invite à lire (en particulier les données supplémentaires), nous avons justement voulu éviter des « impressions » basées sur l’observation générale de la morphologie pour leur préférer des données mesurables. Et pour cela on a évité une approche phénétique en nous concentrant sur les caractères « uniques » que mettent en évidence les analyses cladistiques, c’est-à-dire des caractères dérivés qui n’apparaissent qu’une seule fois au cours de l’histoire évolutive des différents groupes. Il ne s’agit donc pas d’une « bouillie de chiffres », mais plutôt de « brochettes de caractères » (je vous réponds du Maroc ou je viens d’en déguster d’excellentes !) qui s’ordonnent le long des lignées. Il faut alors imaginer une brochette d’«oiseau » qui mesure quelques mètres de long contre une brochette de « coelacanthe » bien riquiqui au fond de votre assiette. Cela étant dit, une approche phénétique donnant les mêmes résultats que ceux nous présentons ici ne diminuerait en rien leurs valeurs car l’objectif n’est pas de montrer comment ces trois lignées ont évolués, mais dans quelle mesure elle se sont transformées (de « quelle quantité de morphologie », si j’osais l’expression). A part ça, je n’ai pas d’idée sur la « signification épistémologique » des indices que nous calculons ;-) Lionel Pas de problème sur le ton « sec » de votre commentaire, c’est le jeu avec ce genre de sujet ! La phrase que vous mentionnez entre guillemets peut paraître bien définitive, mais ce n’est pas une citation du billet. Dans l’article dont il est question ici, et que je vous invite à lire (en particulier les données supplémentaires), nous avons justement voulu éviter des « impressions » basées sur l’observation générale de la morphologie pour leur préférer des données mesurables. Et pour cela on a évité une approche phénétique en nous concentrant sur les caractères « uniques » que mettent en évidence les analyses cladistiques, c’est-à-dire des caractères dérivés qui n’apparaissent qu’une seule fois au cours de l’histoire évolutive des différents groupes. Il ne s’agit donc pas d’une « bouillie de chiffres », mais plutôt de « brochettes de caractères » (je vous réponds du Maroc ou je viens d’en déguster d’excellentes !) qui s’ordonnent le long des lignées. Il faut alors imaginer une brochette d’«oiseau » qui mesure quelques mètres de long contre une brochette de « coelacanthe » bien riquiqui au fond de votre assiette.
Cela étant dit, une approche phénétique donnant les mêmes résultats que ceux nous présentons ici ne diminuerait en rien leurs valeurs car l’objectif n’est pas de montrer comment ces trois lignées ont évolués, mais dans quelle mesure elle se sont transformées (de « quelle quantité de morphologie », si j’osais l’expression).
A part ça, je n’ai pas d’idée sur la « signification épistémologique » des indices que nous calculons ;-)
Lionel

]]> Par : Nicobola https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1685 Nicobola Sun, 07 Sep 2014 21:50:44 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1685 C'est une approche intéressante, certes, mais n'est-ce pas un peu simple de citer plusieurs biais (pertinents) et de conclure par "de toutes façons, c'est évident, ça ressemble à l'ancêtre, vous voyez bien". Si le raisonnement tient seulement en ça, rien ne sert de faire des arbres et des calculs difficiles :) Mais justement, cette conclusion mais aussi l'étude, me posent un problème, pour des raisons moins pragmatique qu'évoquées. Qu'est-ce que cela veux dire de comparer des changements de la nageoire et du crâne d'un cœlacanthe avec ceux des plumes et du bec, par exemple d'un colibri. Ces changements apparaissent sur des morphoclines différentes, sur des caractères différents. Et donc compter des changements chez un cœlacanthe et chez un colibri, en faire une moyenne et comparer un nombre, c'est un raisonnement phénétique. Personnellement, je n'ai aucune idée de ce que ces indices peuvent signifier épistémologiquement, car on a remplacé plusieurs caractères, pas évidement comparables en une bouillie de chiffres... Et c'est bien là le problème de la phénétique. J'ajouterais que pour moi c'est le même problème quand on compare des évolutions de séquences... J'espère ne pas avoir été trop sec, mais après tout, j'imagine que c'est ce à quoi vous vous entendiez avec cet article ;) PS: j'avoue ne pas encore avoir lu votre article, tapez moi dessus si les réponses à mes questions sont dedans ;) C’est une approche intéressante, certes, mais n’est-ce pas un peu simple de citer plusieurs biais (pertinents) et de conclure par « de toutes façons, c’est évident, ça ressemble à l’ancêtre, vous voyez bien ». Si le raisonnement tient seulement en ça, rien ne sert de faire des arbres et des calculs difficiles :)
Mais justement, cette conclusion mais aussi l’étude, me posent un problème, pour des raisons moins pragmatique qu’évoquées. Qu’est-ce que cela veux dire de comparer des changements de la nageoire et du crâne d’un cœlacanthe avec ceux des plumes et du bec, par exemple d’un colibri. Ces changements apparaissent sur des morphoclines différentes, sur des caractères différents. Et donc compter des changements chez un cœlacanthe et chez un colibri, en faire une moyenne et comparer un nombre, c’est un raisonnement phénétique. Personnellement, je n’ai aucune idée de ce que ces indices peuvent signifier épistémologiquement, car on a remplacé plusieurs caractères, pas évidement comparables en une bouillie de chiffres… Et c’est bien là le problème de la phénétique. J’ajouterais que pour moi c’est le même problème quand on compare des évolutions de séquences…
J’espère ne pas avoir été trop sec, mais après tout, j’imagine que c’est ce à quoi vous vous entendiez avec cet article ;)
PS: j’avoue ne pas encore avoir lu votre article, tapez moi dessus si les réponses à mes questions sont dedans ;)

]]> Par : greg https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1684 greg Fri, 05 Sep 2014 22:19:58 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1684 Je crois que l'expression fossile vivant fait tiquer parce qu'il véhicule l'image qu'un organisme s'est soustrait aux mécanismes d'évolution.. Mais qu'en fait ce seraient les mêmes mécanismes qui ont donné les formes de la perche et du colibri qui ont fait que le cœlacanthe est resté morphologiquement le même (ils étaient soumis aux mêmes pressions). Et d'une certaine façon c'est un biais puisque l'ancêtre du colibri avait probablement une forme qui ne devait pas être si éloigné de la forme de l'ancêtre du Coelocanthe. -> cet ancêtre a "évolué" en diversifiant sa forme de manière la plus diverse qui soit, mais dont au moins une des formes résultantes n'est pas tombée très loin de la racine de l'arbre. Je crois que l’expression fossile vivant fait tiquer parce qu’il véhicule l’image qu’un organisme s’est soustrait aux mécanismes d’évolution..

Mais qu’en fait ce seraient les mêmes mécanismes qui ont donné les formes de la perche et du colibri qui ont fait que le cœlacanthe est resté morphologiquement le même (ils étaient soumis aux mêmes pressions). Et d’une certaine façon c’est un biais puisque l’ancêtre du colibri avait probablement une forme qui ne devait pas être si éloigné de la forme de l’ancêtre du Coelocanthe. -> cet ancêtre a « évolué » en diversifiant sa forme de manière la plus diverse qui soit, mais dont au moins une des formes résultantes n’est pas tombée très loin de la racine de l’arbre.

]]> Par : Le coelacanthe : un « presque fossile viv... https://www.dinosauria.org/blog/2014/09/04/le-coelacanthe-un-presque-fossile-vivant/comment-page-1/#comment-1683 Le coelacanthe : un « presque fossile viv... Thu, 04 Sep 2014 16:18:48 +0000 http://www.dinosauria.org/blog/?p=2554#comment-1683 [...] « Encore cette histoire de fossile vivant » pensez-vous ? C’est vrai, il a déjà été souvent question de cette expression dans le dinOblog.  [...] [...] « Encore cette histoire de fossile vivant » pensez-vous ? C’est vrai, il a déjà été souvent question de cette expression dans le dinOblog.  [...]

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